Provavelmente nunca saberemos a cronologia exata e a datação de todas as sinfonias de Haydn.
Na ausência de informações precisas sobre muitas das sinfonias anteriores em particular, muito precisa ser deixado para conjecturas bem informadas, e os estudiosos continuam a discordar e a mudar a ênfase da opinião recebida.
A Sinfonia nº 39 em sol menor não pode ser datada com certeza, mas acredita-se que tenha sido escrita entre maio e setembro de 1765, sendo assim anterior à nº 26 e tornando-a a mais antiga das magníficas sinfonias em tom menor de Haydn
