Michael Haydn-Violino concerto em si bemol maior

Michael permaneceu próximo de Joseph durante toda a sua vida. Joseph tinha grande consideração pela música de seu irmão, a ponto de sentir que as obras religiosas de Michael eram superiores às suas (possivelmente por sua intimidade devocional, em oposição ao estilo sinfônico monumental, majestoso e mais secularizado de Joseph). 

Em 1802, quando Michael recebeu "ofertas de cargos lucrativos e honrosos" de "tanto Esterházy quanto do Grão-Duque da Toscana", ele escreveu a Joseph em Viena pedindo conselhos sobre se deveria ou não aceitar qualquer um deles, mas no final decidiu fique em Salzburgo.

 Michael e Maria Magdalena Haydn nomearam sua filha Aloisia Josepha não em homenagem ao irmão de Michael, mas em homenagem a Josepha Daubrawa von Daubrawaick, que substituiu como madrinha no batismo da Condessa de Firmian.

 Ele morreu em Salzburgo aos 68 anos.